最後に、臨床サンプリングの過程も非常に重要である。例えば、新型コロナワクチンによる偽陽性は、ワクチン中の核酸断片が完全に分解される前に、人体表面や衣服に残った核酸断片が検体を汚染した場合、高感度PCR増幅後に偽陽性結果が生じる可能性が高い。

安全キャビネット内で陽性対照品および弱陽性管理検体を添加してはならない。操作時には手袋のサイズが適切でなければならない。ゆるい手袋は汚染されやすい。手袋が汚染された可能性がある場合は、速やかに手袋を返却・廃棄し、新しい手袋に交換する。頻繁に手袋を交換することで、各種の汚染を効果的に減らすことができる。

現在、ほとんどの実験室では大量の検査業務があり、検体添加および抽出の過程で交差汚染が起こりやすい。特に、重点人群（隔離者など）の検体を一般健康スクリーニング人群の検体と一緒に検査する場合、偽陽性が生じやすい。この点に関して、人群検体と一般健康スクリーニング人群検体の保管およびバッチ検査に重点を置くべきで。

、検査過程では「医療機関新型コロナウイルス核酸検査作業マニュアル（試行第二版）」の要求に従い、生理食塩水を3つランダムに配置し、実験過程での汚染状況をモニタリングする。

PCRチューブの蓋がしっかり閉まっていない場合や加熱により変形した場合、増幅産物がPCR装置や実験室に蒸発し、大量の持続的汚染を引き起こす。特に弱陽性管理検体や弱陽性管理孔が漏れた後は、実験室を汚染しやすく、大量の偽陽性を生じる。この点に関して、品質検査に合格した適合するPCRチューブとチューブ蓋を選択すべきで。

、サンプリング後にすべてのPCRチューブが覆われており緩みがないことを確認してから、機器を使用して増幅する。増幅後のPCRチューブは慎重に取り出し、速やかに密封袋に入れ、一般医療廃棄物処理に供する。蓋を開けたり高圧滅菌処理することは厳禁である。偽陽性が生じやすい実験室では、実験室環境汚染評価実験を行うべきである。実験室環境が汚染されている場合、日常の実験室検査を一時停止し、環境の清掃、消毒、換気を行うべきである。

試薬が調製過程で陽性管理検体や陽性検体に汚染された場合、プレート全体の検査が陽性となる。試薬を交換して再増幅することで、増幅産物が汚染されたのか試薬が汚染されたのかを特定できる。予防措置として、実験室の単一フロー操作や実験室の作業服・物品の混用禁止など、実験室の規則を厳守すべきである。同時に、陽性管理検体および著者が前述した陽性管理検体の保管にも注意すべきである。

実験終了後も警戒を緩めることはできません。報告書を正確に発行するだけでなく、次回の実験を円滑に進め、偽陽性を避けるために、実験室の清掃および2時間の紫外線消毒、定期的な核酸除去剤による作業台面・ピペット・実験室の終末消毒などの作業も欠かせません。

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